В момента следствието разглежда няколко версии за убийството на Борис Немцов, когото застреляха в събота през нощта на Москворецкия мост. По думите на официалния представител на Следствената комисия на Русия Владимир Маркин, не изключва престъплението да е било извършено като провокация, а неговите организатори да са се надявали "да дестабилизират политическата обстановка в страната." 

"Фигурата на Немцов може да е станала своеобразна сакрална жертва за тези, които не се гнусят от никакви методи за достигане на своите политически цели", заяви Маркин.
Той отбеляза, че Немцов е получавал заплахи от ислямисти заради позицията му към нападението над редакцията на "Шарли Ебдо" в Париж. Освен това се проверявала и версия, според която престъплението би могло да бъде свързано със събитията в Украйна, където, по думите на Маркин "и сред двете враждуващи страни има много радикални персони, не подчиняващи се на никаква власт".
Следствието не изключвало и битова версия за престъпления, свързани с бизнес-дейностите на Немцов. Представителят на комисията подчерта, че всички те ще бъдат щателно проверени, и че в разследването участват най-добрите представители на следствието и Министерство на вътрешните работи.

От Кремъл  почти веднага отхвърлиха една от версиите. Прессекретарят на Путин Дмитрий Песков отбеляза, че не вижда политически мотив за отстраняването на Немцов. Той не представлявал никаква заплаха за ръководството на страната. "Ако съпоставим популярността, рейтинга на Путин и на правителството като цяло, се вижда най-общо, че Борис Немцов е малко повече от средностатистически гражданин", констатира Песков по тв-канала Москва 24.